เมล็ดโกโก้มีรสชาติที่แตกต่างกันไปในแต่ละพื้นที่ และแหล่งกำเนิดหลักๆ มักกระจุกตัวอยู่ในอเมริกากลางและอเมริกาใต้ แอฟริกาตะวันตก และเอเชียตะวันออกเฉียงใต้ แล้วเมล็ดโกโก้มีกี่ประเภท? คนส่วนใหญ่คิดว่าเมล็ดโกโก้สามารถแบ่งได้เป็น 3 สายพันธุ์หลัก ได้แก่ ครีโอลโล โฟราสเตโร และทรินิตาริโอ
1. ครีโอลโล
โกโก้ครีโอลโลเป็นโกโก้ที่ดีที่สุด มีกลิ่นหอมแรง รสขมเล็กน้อย และฝักมีสีแดงเมื่อสุก อย่างไรก็ตาม เมื่อเปรียบเทียบกับโกโก้พันธุ์อื่น โกโก้ครีโอลโลมีความต้านทานต่อแมลงและโรคได้ไม่ดีนัก และปลูกยาก จึงมีผลผลิตน้อย คิดเป็นเพียง 5% ของผลผลิตโกโก้ทั่วโลก เมล็ดโกโก้ครีโอลโลมีคุณภาพสูงและมีกลิ่นหอมเฉพาะตัว ทำให้โกโก้ครีโอลโลเป็นตัวเลือกแรกของผู้ผลิตช็อกโกแลตชั้นนำ
ส่วนใหญ่ปลูกในเวเนซุเอลา แคริบเบียน มาดากัสการ์ ชวา และที่อื่นๆ
2. ฟอราสเตโร่
ฟอราสเตโรมีกลิ่นเผ็ดขมเปรี้ยวและฝักจะเปลี่ยนเป็นสีเหลืองเมื่อแก่จัด ฟอราสเตโรเทียบเท่ากับโรบัสต้าในเมล็ดกาแฟ และส่วนใหญ่ใช้ทำช็อกโกแลตธรรมดาทั่วไป มีความต้านทานต่อแมลงและโรคได้ดีและให้ผลผลิตสูงสุด คิดเป็นประมาณ 80% ของผลผลิตทั่วโลก
ฟอราสเตโรมีต้นกำเนิดในป่าอะเมซอน และปัจจุบันมีการปลูกโกโก้ในปริมาณมากในแอฟริกาตะวันตก มาเลเซีย อินโดนีเซีย บราซิล และที่อื่นๆ เมล็ดโกโก้ชนิดนี้ต้องคั่วอย่างเข้มข้นเพื่อชดเชยรสชาติที่ขาดหายไป ซึ่งเป็นสาเหตุที่ทำให้ช็อกโกแลตดำส่วนใหญ่มีกลิ่นไหม้
3. ตรีนิทารี
Trinitario เป็นลูกผสมของโกโก้สองชนิด โดยฝักโกโก้จะมีสีกลางๆ เมื่อสุก และตั้งชื่อตามโกโก้ที่ปลูกบนเกาะตรินิแดด Trinitario ซึ่งผสมผสานจุดเด่นของโกโก้สองชนิดแรกเข้าด้วยกัน ถูกนำมาใช้ผลิตช็อกโกแลตคุณภาพสูง เนื่องจากมีเพียงโกโก้สองชนิดนี้เท่านั้นที่สามารถให้รสเปรี้ยว ความสมดุล และความซับซ้อนของช็อกโกแลตคุณภาพสูงได้ Trinitario คิดเป็นประมาณ 80% ของผลผลิตโกโก้ทั่วโลก และแหล่งจำหน่ายก็เหมือนกับ Criollo เช่นเดียวกับ Criollo โกโก้ถือเป็นสมบัติล้ำค่าของโกโก้
เมล็ดโกโก้แอฟริกันคิดเป็นประมาณ 65% ของผลผลิตเมล็ดโกโก้ทั้งหมดของโลก ซึ่งส่วนใหญ่นั้นถูกซื้อไปโดยสหรัฐอเมริกาในรูปแบบสัญญาซื้อขายล่วงหน้า แต่เมล็ดโกโก้แอฟริกันส่วนใหญ่เป็นพันธุ์โฟราสเตโร ซึ่งใช้ผลิตช็อกโกแลตธรรมดาและช็อกโกแลตยอดนิยมได้เท่านั้น ในขณะที่ผู้ผลิตช็อกโกแลตคุณภาพสูงในยุโรปจะเลือกเมล็ดโกโก้ที่ดีที่สุดจากไร่โกโก้คุณภาพสูง และบางรายยังมีฟาร์มของตนเองอีกด้วย